Η ιστορία της Κρήτης εκτείνεται σε βάθος 8.000 χρόνων από σήμερα. Σύμφωνα με αρχαιολογικές μαρτυρίες, το νησί κατοικήθηκε και κατά τα νεολιθικά χρόνια, γύρω στο 6500 π.Χ.
Μόνιμοι νεολιθικοί οικισμοί Ηρακλείου ήταν η Κνωσός (στα όρια του Δήμου), η Φαιστός, ο Κατσαμπάς, ενώ εποχικά κατοικούνταν και τα σπήλαια όπως ο Στραβομύτης, στο όρος Γιούχτας, η Ειλειθυία στις Γούβες, η Τραπέζα στην Τύλισσο.
Οι πρώτοι Κρητικοί έφθασαν εδώ, κατά την προσφιλέστερη άποψη, από τη Μικρά Ασία ή τη Βόρεια Αφρική και αναπτύχθηκαν πολύ αργά τα επόμενα 3.000 περίπου χρόνια. Ζούσαν σε σπηλιές και χρησιμοποιούσαν πέτρινα εργαλεία, για να καλλιεργούν τη γη και να εκτρέφουν ζώα. Η πρωτόγονη αρχικά αγγειοπλαστική εξελίχθηκε με τη χρήση της φωτιάς και σταδιακά έγινε πιο περίτεχνη.
Η Νεολιθική περίοδος διήρκησε μέχρι το 3000 π.Χ. περίπου. Η θρησκευτική λατρεία αυτής της περιόδου ήταν αφιερωμένη στη θεά της ευφορίας. Σημαντικός αριθμός από πήλινες φιγούρες σωματωδών γυναικών έχει βρεθεί όχι μόνο στην Κρήτη αλλά στην ευρύτερη περιοχή της ανατολικής Μεσογείου.
