Υπηρεσίες: Μικρές ταβέρνες
Η ονομασία Καλλονή (ερμην. πανέμορφη γυναίκα) εμφανίζεται μετά το 1928. Το προηγούμενο όνομα του χωριού ήταν Σκιλλούς, όνομα αρχαιότατο, που προέρχεται από το φυτό σκίλλη ή σκιλλοκρομμύδα, το οποίο αφθονούσε στην περιοχή. Η περιοχή πρέπει να ήταν κατοικημένη από τη μινωική εποχή, αφού στη θέση Φανάρι βρέθηκαν ερείπια μινωικού οικισμού, καθώς και όστρακα και ειδώλια αρχαϊκής εποχής. Στην ίδια θέση υπάρχει ένα βυζαντινό εξωκλήσι, ο Άγιος Φανούριος, ίσως παλαιό μοναστήρι, το οποίο έχουν σήμερα ανακαινίσει οι κάτοικοι και κάνουν εκεί μεγάλο πανηγύρι στις 27 Αυγούστου.
Στο κέντρο του χωριού υπάρχει μια παλιά βρύση πάνω στην οποία είναι λαξευμένος ο βυζαντινός δικέφαλος αετός, καθώς και μια τούρκικη επιγραφή στην οποία είναι χαραγμένο το όνομα του Τούρκου που την ανακαίνισε.
Στη θέση Αμμουδάρα, υπάρχει η παλιά εκκλησία της Αγίας Φωτεινής, την οποία λένε πως την έχτισε ο Νικηφόρος Φωκάς όταν απελευθέρωσε την Κρήτη και στην οποία υπάρχει μια σημαντική βυζαντινή τοιχογραφία. Πρέπει να βρισκόταν εκεί γυναικείο μοναστήρι, το οποίο εγκαταλείφτηκε πριν το 1600 μ. Χ.
Πολιούχοι του χωριού είναι ο Άγιος Νικόλαος και ο Άγιος Αμβρόσιος, διμάρτυρη εκκλησία. Υπάρχει ακόμα ο ναός του Ευαγγελισμού στο κέντρο του χωριού, ο ναός του Αγίου Αντωνίου και η ανακαινισμένη εκκλησία της Κερα-Καρδιώτισσας, που βρίσκεται στο νεκροταφείο.
Από την Καλλονή καταγόταν ο Γεράσιμος ο Β ́ο Παλλαδάς, Πατριάρχης Αλεξανδρείας, ο οποίος φημιζόταν για την σοφία και την ευσέβειά του.
